Der Schulstandort Affeltrangen umfasst drei Gebäude: Hauptgebäude, Nebentrakt und Turnhalle. Im Hauptgebäude ist ab dem Schuljahr 2010 neu die Mittelstufe mit zwei Abteilungen (4.-6.Klasse) beheimatet. Im weiteren sind die Schulzimmer für das textile und das nicht-textileWerken, die Zimmer der Heilpädagogin und der Logopädin sowie das Büro des Schulleiters im Hauptgebäude integriert. Die Unterstufe mit 2 Abteilungen (1.-3.Klasse) findet man neu im Nebentrakt. Ebenfalls neu ist die Bibliothek im Untergeschoss des Nebentraktes untergebracht. Die Räumlichkeiten der Bibliothek werden zudem als zusätzliches Klassenzimmer für die Unterstufe benutzt.

Der Kindergarten ist ab dem Schuljahr 2010/2011 neu im Schulhaus Zezikon. Die Kinder werden mit dem Schulbus nach Zezikon befördert.